“誰「が」、ここにあったリンゴを食べましたか？”←→“ここにあったリンゴを食べたの「は」、誰ですか？

辞書などを見ると、どちらも多様な用法が記されていますが、基本的な用法は、次のようにシンプルだろうと思います。

【は】⇒主題提示。
【が】⇒主格、または対象格（希望・好悪・能力）の特定。

a.“誰「が」、ここにあったリンゴを食べましたか？”⇒りんごを食べるという行為をした主格を特定しようとしています。
b.“ここにあったリンゴを食べたの「は」、誰ですか？”⇒「リンゴを食べた人」を主題（話題）にしています。そして、その人は誰ですか、と尋ねている構図。
ただ、「は」と「が」の用法を比較するのであれば、次のような例文を使うほうが比較しやすいと思います。

c.「彼はりんごを食べました」⇒「彼」を主題提示して、以降の話を展開しています。「彼について述べてみれば、（彼は）りんごを食べました」というニュアンス。
主題提示という用法の性質上、「（彼女はみかんを食べましたが、）彼はりんごを食べました」という意図で使うこともできます。
これは対比の用法などと呼ばれますが、冒頭、申し上げましたとおり、主題提示という基本さえ押さえておけば応用が利くと思います。
http://dictionary.goo.ne.jp/leaf/jn2/172815/m1u/ …

d.「彼がりんごを食べました」⇒「りんごを食べる」という行為をした主格（主体）を「（それは）彼だ」と特定している構図です。
「りんごを食べたのは彼だ」という意味。
因みに、「対象格（希望・好悪・能力）の特定」というのは、ご存知でもありましょうが、たとえば、
「彼はりんごが好きだ」
などと言う場合。
彼について述べてみれば、と主題提示した上で、好きなものはりんごだ、と特定している構文になっています。
http://dictionary.goo.ne.jp/leaf/jn2/34931/m1u/% …
この「が」についても辞書には多様な用法が挙げられていますので、ご参照ください。
ただ、冒頭挙げた基本的用法さえ押さえておけば、大体のことは説明がつくように思います。

No.3でコメントした者です。

　本題に関してはNo.3に書いたとおりです。
「お礼」に関して補足します。

>「が」と「は」の、すっきりとした・スマートな法則は難しいですね。どうしても後から、沢山の例外・補足などが追いかけてきます。
　おっしゃるとおりです。
　だからこそ長年にわたって多くの学説が飛びかっているのでしょう。そして、いまだに決定版はないようです。
　たとえば、リンク先に引用した『日本語練習帳』では「は」の働きを4つにまとめています。
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝引用開始
1)問題（topic）の下に答えを持ってくるよう予約する
2)対比
3)限度
4)再問題化
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝引用終了

　個人的には記述内容にいろいろ疑問もあるのですが、そのことはおきます。
　最も一般的な1)では説明しきれずに、2)〜4)があげられています。ほかの切に比べるとずいぶん少ないのですが、それでも4つあります。
　非常にわかりやすい文章なので、興味があるならご一読をおすすめします。ただ、ウノミにはしないほうがよいでしょう。

　このほかにも、いろいろな指摘があります。
　広く知られる〈初出の「が」、既出の「は」 〉あたりも、あてはまらない例はたくさんあり、反論するのは簡単です。しかし、入門者に「ハ」と「ガ」の違いに興味をもってもらうのには好例だと思います。

　ほかに当方があげた「肯定文では〈が〉になりやすく、否定文では〈は〉になりやすい」なんて話もあります。これもいろいろ例外があります。
　数日前に知り合いに教えてもらったのですが、少数ながら先行論文があるようなので、読んでみることにします。

>難しい使い分けを、ほとんどの人はほぼ誤りなく使っているものですね。
　昔はそうだったのですが……いまはわかりません。これについて書きはじめると長くなるのでパスします。

＃１です。

ふたたびお邪魔いたします。

＃３さんが専門家？の説明を紹介していますので、若干、感想を。
第一印象は、わたしのような頭の悪い人間にとっては、あまりに煩雑すぎる・・・ですね。
挙げている参考文献が膨大なのですが、なるべくたくさん取り込もうとして、そうなってしまったような気もします。
まあ、それは好き好きですからとやかく言うつもりはありませんが、解説文自体も、結構、回りくどい印象を受けます。
たとえば、ほんの一例ですが、
------------------------------------------------------
「は」の用法の基本：
１　何かを頭の中に思い浮かべて、それについて情報を述べたり、質問したりするとき。　
　　　　えーと、財布、財布、、、あ、ここにある。　→　財布はここにある。
　　　(人を探して）陳さーん、陳さーん。陳さんはどこへ行ったんだ？

２　話の場にあるもの、話に出てきたものなどについて情報を述べたり、質問したりするとき。
　　　あ、おいしそうなお菓子！　(食べてみて)　このお菓子はおいしいね。
　　　もしもし！（あなたは）どちらへいらっしゃいますか？
　　　「これはどこにおく？」「それはあっちに持って行って。」
　　　「中学の時の先生が亡くなったって聞いて悲しくなっちゃった。」「その先生は何歳だったの？」

３　一般的な事実（真理）などを述べるとき。（「が」の用法１との違い）
　　　　学生は学校に毎日通う。
　　　　電車は線路を走る。
　　　　植物は肥料をやるとよく育つ。
　　　　雨は冬より夏にたくさん降る。（東京では） cf. 雨が降っている。(今、目の前で）
（１・２・３は結局、「話し手（と聞き手）がその場で頭に思い浮かべられるもの」とまとめることができる。）　
　　　
４　何かの部分や「～は～が」文の「～が」について、特に対比の意味を持たせて言いたいとき。
私は中国語は少しわかる。（韓国語はぜんぜんわからない。）
　　　　象は、鼻は長いが、足は短い。　
　　　　私は日本酒は好きだけれど、ウイスキーは好きじゃない。
------------------------------------------------------
のような記述があります。
４つも例を挙げる必要がありますかね。まあ、親切心からだと思うので、文句は言いたくないのですが、絞り込んだほうが本質が理解しやすくなることは結構多いでしょう。
単純に、
【○○は】⇒○○を主題提示して、「○○」に関して「は」以降で話を展開する用法。
と言えば済むと思うのですけどね・・・。
文中の表現を使っても、『１　何かを頭の中に思い浮かべて、それについて情報を述べたり、質問したりするとき。』だけで全て網羅できているでしょう。
誤解なさらないでいただきたいのですが、必要性があるなら、いくら回りくどくても長くても良いと思います。
しかし、無闇に長けりゃ良いということにはならないはず。

ただ、感心な点は、「は」と「が」の違いにおける「新情報のガ・旧情報のハ」という無責任な分類を否定していることですね。
「未知のガ・既知のハ」といった表現もよく使われます。
私も以前から否定し続けてきたことですが、思わぬところで賛同者に出会うことができ、その意味で＃３さんに感謝したいと思います。
それほど、難しい話じゃないのですが、よく例に挙がるのが、
a.昔々あるところにおじいさんとおばあさん【ガ】住んでいました。
⇒「おじいさん」「おばあさん」は初めて登場する、つまり新情報（未知）なので「ガ」を使う。
b.ある日、おじいさんは【ハ】山へ芝刈りに、おばあさん【ハ】は川へ洗濯に・・・
⇒この段階で両者は旧情報（既知）なので「ハ」を使う。
という例。
なぜこのような理屈が堂々とまかり通っているのか不思議（ネットでもかなりの頻度で目にする）なのですが、これが正しいなら、この後すべての文で「おじいさんが」「おばあさんが」という表現は使えなくなってしまうでしょう。
たまたま、この話の流れではそういうことも言える、というだけのことであって、実に場当たり的な理屈で、多くの日本語学習者に混乱をもたらすものだと言わざるを得ません。
百歩譲って新情報・旧情報という分類で押し通すことが可能ならば、たとえば、
「c.おばささんが桃を切ると・・・」
「d.おじいさんが桃太郎を抱き上げた」
といった表現はなぜ例外になるのか、という点を説明する必要があると思います。（まさか、こうした表現はできない、と居直ったりはしないでしょうが、説明することは無理だと思います）

【は】⇒主題提示。
【が】⇒主格、または対象格（希望・好悪・能力）の特定。
という基本的用法を押さえておけば、
a.昔々あるところにおじいさんとおばあさん【ガ】住んでいました。
⇒「住んでいた」という事実に関して、誰が住んでいたかといえば、それは、おじいさんとおばあさんである、と言っている文。
b.ある日、おじいさんは【ハ】山へ芝刈りに、おばあさん【ハ】は川へ洗濯に・・・
⇒おじいさんについて述べてみれば、山へ芝刈りに（行き）、おばあさんについて述べてみれば、川へ洗濯に（行った）
c.おばささんが桃を切ると・・・。
⇒「桃を切る」という行為をした主体は「おばあさん」だ、と特定している。
d.おじいさんが桃太郎を抱き上げた。
⇒「桃太郎を抱き上げる」という行為をした主体は「おじいさん」だ、と特定している。
このように容易に解釈できるように思うのですが、我田引水でしょうか。（←反語用法）

「ハ」と「ガ」の違い

「ハ」と「ガ」の違い全般に関しては長い間多くの学者がさまざまな説を出しています。いろいろな側面があるので、簡単には書けません。
「新情報のガ」と「旧情報のハ」あたりは有名です。
　念のため書いておくと、昔話に出てくる「ハ」と「ガ」の話です。これも【ハ】は比較？を表わすのでは……という気もします。

　　昔々あるところにおじいさんとおばあさん【ガ】住んでいました。
　　ある日、おじいさんは【ハ】山へ芝刈りに、おばあさん【ハ】川に洗濯に出かけました……。

　さて、ご質問の件を説明するのは相当の難物です。
　とても素人の手に負える質問ではないので、専門家の説明をご紹介します。
http://www.geocities.jp/niwasaburoo/09wa.html
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝引用開始
　�－３
　　「情報の焦点：言いたいこと、聞きたいことの中心」は「は」の後ろ、

　「が」の前の名詞にあること

　�－４
　　疑問語は当然その焦点に来る。つまり「Ｑ＋は」はありえず、「Ｑ＋が」
　　であること
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝引用終了

「誰」（情報の焦点：言いたいこと、聞きたいことの中心）は〈「は」の後ろ、「が」の前〉に来るのが原則なんだそうです。
　↑のサイトをひととおり読むと、「ハ」と「ガ」の違いが少しわかったような気になれます。



　ちなみに、個人的には「日本語は否定文では【ハ】になりやすい傾向があるみたい」と思っています。いろりおな文献を読みましたが、こういうことを書いているものは見当たりません。〈「は」の後ろ、「が」の前〉の原則より、こちらのほうが強いような……。
　やはり「ハ」と「ガ」の話はむずかしい……。
　詳しくは下記をご参照ください。
【チャレンジ日記──「は」と「が」〈1〉〜〈5〉】
http://ameblo.jp/kuroracco/entry-11805211747.html
　以下は一部の抜粋（重言）を加工します。

「ここにあったリンゴを食べたの「は」、誰ですか？」
三郎「太郎は食べてません。次郎が食べました」
※三郎の言葉は「次郎が食べました。太郎は食べてません」と入れかえることも可能でしょう。
※この例文だと、既出（旧情報）＆初出（新情報）は無関係だと思います。「文脈による」とも言えない気がします。

　さらにこれは次のような形も考えられます。
　先生「あのイタズラをしたのは太郎ですか、次郎ですか」
太郎「ボクはしてません。次郎がしました」
※太郎の言葉は「次郎がしました。ボクはしてません」と入れかえることも可能でしょう。
※第三者と当人では違いがあるのかないのか不明です。とりあえずいまのところは、違いはないようです。
　こうなると、「肯定文では〈が〉になりやすく、否定文では〈は〉になりやすい」と言えるのでは……という気がします。

「が」は挌助詞の主格、「は」は係助詞で、主題の提示で以後の記述はその内容に限定される。

私は佐藤です、他はどうか知らないが、私に限定すれば、佐藤です、（私に限定すれば・・・が強調につながることもある）。
私が佐藤です、主格のため以降の記述に制限なし、
今話題になっている佐藤は私です。
私がその（今話題になっている）佐藤です。